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Pedro,

O uso de InnoDB garante perfomance mas também cria dificuldades na recuperação de desastres. O problema é que todas as tabelas ficam num único arquivo.

O fato já foi reconhecido como problema e há uma maneira de contorná-lo:

[mysqld]
innodb_file_per_table

Assim cada tabela tem seu próprio tablespace e a corrupção de uma delas não representa uma perda total dos dados.

A opção "innodb_file_per_table" estará ativa por padrão no MySQL 5.6.