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Amigos controlar cgnat é apenas fazer os ips internos usar portas organizadas em suas conexões, assim facilitando saber qual cliente usou determinada porta, na imagem abaixo é possivel ver que as conexões internas sem cgnat tem suas portas sem ordem definida.

Com cgnat é criada regras no MikroTik para que se tenha uma ordem no uso das portas nas conexões, assim se for preciso saber qual ip interno usou uma porta especifica do ip valido em uma conexão é possivel.

Assim sendo a única coisa que o Mk-Auth precisa fazer a gravar o ip interno usado por cada cliente, isso o sistema sempre fez, as regras no MikroTik podem ser qualquer uma, recomendo as do blog remontti que são bem atualizadas, do RedesBrasil e etc...
Mesmo assim se precisar na versão 21.03 incluir no controle de pools a opção de CGNAT que ajuda a criar essas regras diretamente no sistema:

Depois de colocar a faixa de ip interna e faixa de ip valido é somente clicar em calcular, se for ok é somente gravar e abrir o cadastro do cliente como no print abaixo e escolher o range pool:

É possível colocar o mikrotik para buscar as regras do pool no mk-auth automaticamente, usando um script para acesso tool fecth, o código do script de exemplo se encontra em https://www.mk-auth.com.br/tool_fetch/cgnat.txt que é somente alterar colocando a key do ramal que se encontra em detalhes do ramal:

O nome do pool precisa ficar igual como foi colocado no cadastro:

Caso use as do remontti ao gerar as regras lá no final da pagina é criada uma tabela onde mostra quais portas cada ip interno irá usar, é somente guardar essa tabela.

Caso Redes Brasil é preciso guardar as regras geradas.

Caso prefira usar a do sistema no menu Provedor / Logs de CGNAT também mostra a mesma coisa.