Faz um update manual no putty usando o comando mkupdate, depois executa o comando abaixo no console do linux, reinicia o servidor e ver se resolve, se não é preciso reinstalar o sistema usando a ultima ISO www.mk-auth.com.br/iso de preferencia 64bits:
Respostas
http://mk-auth.com.br/forum/topics/mk-auth-lento-5
Bom dia, caso não tenha resolvido entre em contato conosco.
Skype: syspottecnologia
mysqlcheck -u root -pvertrigo mkradius --auto-repair